2019年李克强总理在《政府工作报告》中提出“开展项目经费使用‘包干制’改革试点，不设科目比例限制，由科研团队自主决定使用”，此后，国家自然科学基金以及部分省市陆续开展了此项改革试点工作。2019年10月，本市出台了“科创30条”，明确在基础研究领域选择部分科研成效显著、科研信用较好的高等学校、科研机构、医疗卫生机构，开展市级财政科研项目经费包干制试点。2021年8月，国务院办公厅印发《关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》（国办发〔2021〕32号）（以下简称“32号文”），提出扩大经费包干制实施范围，在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制，并鼓励有关部门和地方在从事基础性、前沿性、公益性研究的独立法人科研机构开展经费包干制试点。为落实中央及本市关于科研项目“包干制”改革试点部署，市科委、中关村管委会会同市财政局，研究制定了《北京市财政科研项目经费“包干制”试点工作方案》（以下简称《方案》）。对本市“包干制”试点的目标、基本原则、试点范围、试点内容、管理机制和保障措施进行了明确。

根据《方案》，2021年起，北京市自然科学基金专项、科技新星计划专项和独立法人研发机构科技专项三类项目将纳入“包干制”试点，试点期限为3年。其中：市自然基金专项包括自然科学基金研究项目、人才项目、合作项目以及环境促进项目等全部项目，较国家自然基金和部分省份仅将“杰青”等部分项目纳入“包干制”，我市试点范围更广、力度更大。独立法人机构科技专项是指在新一代信息技术、医药健康、新材料、人工智能等高精尖技术创新领域，遴选一批从事基础性、前沿性、公益性研究的独立法人研发机构纳入试点，在国内率先将“包干制”试点从项目支持经费扩展至机构支持经费。

北京市自然科学基金项目和科技新星计划项目采取定额方式资助，项目申请人不再编制项目预算。重点研发机构专项由科研机构拟订预算、经费使用规则及设定可考核的绩效目标，不再编制项目预算，后续合同约定进行年度预算拨付及经费管理。所有纳入“包干制”试点项目将实行负面清单管理，明确经费不得用于捐赠、投资、赞助、罚款及支付在职人员学历性教育经费等支出，不得用于与试点项目研究无关的支出。